Esta pesquisa tem por objetivo a análise da conservação on farm da mandioca praticada por uma comunidade da região da Baixada Cuiabana, estado do Mato Grosso, sob os aspectos etnobotânicos e molecular, mediante o estudo da diversidade genética do acervo por eles mantidos. As culturas de raízes e tubérculos originárias das regiões tropicais têm papel importante na agricultura de pequena escala brasileira, especialmente a mandioca. Na Baixada Cuiabana, existe uma forte característica que os agricultores tradicionais têm em comum, que é a dedicação à produção de mandioca, possuindo um aprofundado conhecimento sobre o manejo das etnovariedades, a produção e o seu beneficiamento. Os agricultores foram entrevistados sobre aspectos etnobotanicos das mandiocas, aplicando um questionário com perguntas abertas quanto às características de cada etnovariedade mantida pelo agricultor, aspectos morfológicos e fisiológicos, e modo de aquisição da rama. As folhas coletadas para as caracterizações moleculares com microssatélites fluorescentes. Os tecidos foliares das etnovariedades de mandioca por eles mantidas foram inseridas em tubos de polipropileno de 2,0 mL com tampão de carga (contendo 1 mL de solução saturada de NaCL-CTAB, 70g de NaCL, 3g de CTAB dissolvido em 200 mL de água destilada). Em seguida o material foi identificado e encaminhado para o para o Laboratório de Fitoquímica da Embrapa Agrossilvipastoril, Sinop-MT, e armazenado em freezer a -4ºC até a extração do DNA. Para a analise das diversidades genéticas das etnovariedades de mandioca foi estimada através das frequências alélicas, número de alelos por loco (A), heterozigosidade esperada (H_e) e observada (H_o), índice de fixação dos alelos (f) e porcentagem de locos polimórficos (%P) por meio do programa GDA – Genetic Data Analysis.A média para a heterozigosidade esperada (H_e) e observada (H_o) destaca-se com valores significativos, 0,67 e 0,72, respectivamente, sendo que a heterozigosidade observada se apresentou superior ao esperado em nove dos 15 locus analisados. As práticas etnobotanicas dos agricultores contribuíram para a elevada diversidade genética encontrada no acervo. Existem alelos raros dentro da população avaliada, o que reforça a importância de se manter e ampliar a conservação on farm/ in situ desses acervos a fim de deter a erosão genética. A etnovariedade matrinxã se destacou por ser a mais divergente dentre o acervo.