Diferentes processos influenciam e regulam a composição e diversidade de espécies de uma comunidade, incluindo o clima, história evolutiva, heterogeneidade ambiental e barreiras à dispersão, além de distúrbios antropogênicos nos habitats naturais. Tais influências podem resultar em padrões ecológicos contemporâneos tanto de aumento quanto de diminuição da diversidade, particularmente considerando a distribuição das comunidades em gradientes ambientais. Nesta tese, eu investigarei vários processos importantes na estruturação da riqueza de espécies, diversidade funcional, diversidade filogenética, endemismo taxonômico e endemismo filogenético dos morcegos neotropicais. A tese está dividida em quatro capítulos e irei apresentar os dois primeiros neste documento da qualificação. O primeiro capítulo é intitulado “História climática revela características adaptativas e evolutivas dos morcegos da savana Neotropical”. Aqui, avaliamos a contribuição relativa de fatores ecológicos (vegetação e clima) e da história geológica e climática sobre a estruturação das comunidades de morcegos no Cerrado, e como estas características influenciam nos atuais padrões de riqueza de espécies, diversidade funcional e filogenética. O segundo capítulo é intitulado “Sobrevoando as águas amazônicas: o papel dos rios nos padrões de distribuição e endemismo de morcegos neotropicais”. Nosso principal objetivo foi compreender os padrões de diversidade beta e endemismo de morcegos na Amazônia cis-andina e suas relações com os grandes sistemas fluviais da Amazônia. O principal objetivo do terceiro capítulo é identificar os possíveis impactos das alterações ambientais na paisagem sobre os padrões biogeográficos de filobetadiversidade e inferir os diferentes padrões de endemismo das comunidades de morcegos no Cerrado, com uma perspectiva do neo e paleo endemismo. Finalmente, nosso quarto capítulo tem como objetivo principal investigar os processos ecológicos que determinam a assembleia de comunidades na região do ecótono Cerrado-Mata Atlântica em comparação com as regiões centrais dos biomas, utilizando modelos matemáticos baseados em história evolutiva e características funcionais das espécies.