Diferentes processos influenciam e regulam a composição e diversidade de espécies de uma comunidade, incluindo o clima, história evolutiva, heterogeneidade ambiental e barreiras à dispersão, além de distúrbios antropogênicos nos habitats naturais. Nesta tese, eu investiguei vários processos importantes na estruturação da riqueza de espécies, diversidade funcional, diversidade filogenética, endemismo taxonômico e endemismo filogenético dos morcegos neotropicais. A tese está dividida em três capítulos. No primeiro capítulo, nós investigamos como os fatores ecológicos, história geológica e história climática influenciaram os atuais padrões de diversidade das comunidades de morcegos do Cerrado. Utilizamos registros de distribuição de espécies de morcegos do Cerrado para calcular as dimensões da biodiversidade. Nós encontramos que a heterogeneidade do habitat foi um dos principais impulsionador da linhagem evolutiva dos morcegos do Cerrado e espécies com linhagem evolutivamente semelhantes compartilham habitats com vegetação homogênea. As diversidades de espécies indicam que as espécies que foram filtradas pelas características adaptativas ocuparam principalmente as regiões de instabilidade climática do Cerrado. Nosso principal objetivo do segundo capítulo foi compreender os padrões de diversidade beta e endemismo de morcegos na Amazônia cis-andina e suas relações com os grandes sistemas fluviais da Amazônia. Nossos resultados indicam que os rios não são grandes barreiras para a distribuição atual da maioria das espécies de morcegos, e as quebras na composição da comunidade de morcegos foram divididas em dois grupos separando as regiões leste e oeste, e um terceiro grupo no norte da Amazônia. Curiosamente, os padrões geográficos que encontramos para quebras de composição de comunidades de morcegos se assemelham muito aos recuperados usando comunidades de aves, sugerindo que fatores ecológicos e históricos semelhantes podem estar atuando para determinar a distribuição de vertebrados voadores na Amazônia. Finalmente, nosso terceiro capítulo tem como objetivo principal investigar os processos ecológicos que determinam a assembleia de comunidades na região do ecótono Cerrado-Mata Atlântica em comparação com as regiões centrais dos biomas, utilizando modelos matemáticos baseados em história evolutiva e características funcionais das espécies. Os resultado indicaram que o modelo de filtro ambiental é o principal estruturador das comunidades de morcegos na região do ecótono Cerrado-Mata Atlântica.