A pós-graduação stricto sensu da Unemat teve seu início no ano de 2006, e a partir deste ano, presenciou um crescimento expressivo, atendendo diversas áreas do conhecimento, em atendimento às demandas regionais do Estado e internas da instituição, contribuindo para o fortalecimento dos campi universitários, disseminando conhecimento e pesquisa a todo o território nacional. Atualmente a Unemat conta com 24 (Vinte e quatro) Programas de Pós-graduação Stricto Sensu aprovados pela Capes. Estes programas contemplam 28 Cursos de Pós-graduação Stricto Sensu, sendo no total 21 Mestrados (11 Mestrados acâdemicos, 01 mestrado profissional e 09 mestrados profissionais em rede), bem como 07 doutorados, sendo 04 doutorados acadêmicos institucionais e 03 doutorados acadêmicos em rede.

O Programa de Mestrado Profissional em Matemática em Rede Nacional - ProfMat/UNEMAT - Campus Universitário de Sinop, inicou em 2015 com 15 alunos, atualmente o programa conta com 54 titulados até 2022.